洪武九年（1376），明朝廷为加强中央集权改元朝之行中书省为承宣布政使司，布政使司主管民政，又设提刑按察使司掌刑狱、都指挥使司掌军政，并称“三司”，互不统属，各对中央负责。为防止布政使司长官专权，每一布政使司又设左、右布政使各一人，明布政使司的职掌虽与元行省有差异，但作为行政区划并无本质上的不同，所以习惯上仍称布政使司为省。
　　
　　布政使司俗称为藩司，布政使俗称为方伯。有明一代，除京师、南京外，计有山东、山西、河南、陕西、四川、江西、湖广、浙江、福建、广东、广西、云南、贵州十三个布政使司，京师又称北直隶，南京又称南直隶，此即两京（直隶）十三布政使司，俗称为十五省，为明直辖地区的行政区划。
　　
　　洪武九年（1376）六月，改山东行中书省为山东等处承宣布政使司。布政使司为一省行政长官，左右布政使各一人，从二品；左右参政，从三品；左右参议，从四品，均无定员。其下设有经历司、照磨所、理问所、司狱司、仓库司、杂造局、宝泉司、织染局、军器局等部门。山东布政使司署的具体位置在济南府衙西北，今省府大院的西部，原是元代的宪台衙门。天顺四年（1460）曾重修，明末戊寅之变时被烧毁，布政使周应期又就地重建。
　　
　　山东提刑按察使司设立于洪武初年，位于济南府衙东，其旧址在运署街，与运署街相交的南北向街巷称之为按察司街。按察司设按察使1人，正三品；副使正四品，佥事正五品，均无定员。其下有经历司经历、照磨所照磨、司狱司司狱等属吏。按察使掌一省之司法，并负责整饬吏治政风，大事与布、都二司会商，报呈抚按，听命于刑部、都察院。按察司副使、佥事分巡各道，举凡有关兵备、提学、抚民、清军、驿传、水利、屯田、招练、监军等均可过问。
　　
　　山东都指挥使司，是明朝16个都指挥使司之一，隶属于左军都督府。洪武三年（1370）十二月，曾置青州都卫，治青州府。洪武八年（1375）十月，改青州都卫为山东都指挥使司，移治济南，初设衙于珍珠泉畔元济南公故宅。都指挥使司是一省的军事长官，“掌一方之军政，各率其卫所，以隶于五府而听命于兵部”。