但是时间不长，唐武宗发动了全国性的灭佛行动，大批寺院被摧毁，僧人被勒令还俗。对外国僧人，唐政府也令其还俗回国。圆仁一行只好辗转回到山东文登，待船归国。在此逗留一年多，于唐宣宗大中元年（847年）携带在中国各地求得的佛教经论、章疏、传记等共585部794卷归返日本。
　　圆仁入唐，一路走一路记，回去整理成一部《入唐求法巡礼行记》。此书8万言，分4卷，真实地记载了他在中国9年零7个月的活动经历。这部书，连同《大唐西域记》（唐代玄奘口述、辩机编撰）、《马可·波罗游记》，历来被视为中外文化交流的三大文化游记。
　　今人拜读《入唐求法巡礼行记》，会感觉大海气息扑面而来。尤其是记录航行艰辛的内容，让人惊心动魄。譬如，他随遣唐使船到达扬州后，欲去天台山不获批，只得改变计划去登州的经历。他与同行者次年春天沿运河北去，到淮河向东入海，四月中旬由海州往山东半岛行进时，有如下记载：
　　十三日，“水手一人从先卧病，申终死去。裹之以席，推落海里，随波流却”。
　　十五日，“水手一人病苦死去，落却海里”。十六日，“入夜洪雨，辛苦无极”。十七日，“雨止。云雾重重，不知向何方行。海色浅绿，不见白日。行迷方隅……”
　　十九日到乳山海域，“逆潮遄流，不能进行”。
　　二十二日，“挟抄一人死却，载艇，移置岛里”。
　　二十五日，“摇橹向乳山去。出邵村浦，从海里行。未及半途，暗雾僮起，四方俱昏，不知何方之风，不知向何方行，抛碇停住。风浪相竞，摇动辛苦，通夜无息”。
　　终于到达乳山海口之后，五月二日，“水手一人自先沉病，将临死。未死之前，缠裹其身，载艇送弃山边。送人却来云：弃著岸上，病人未死，乞饭水。语云：我若病愈，寻村里去。舶上之人莫不惆怅”。
　　欲再前行，一直不顺，几次出航都以失败告终，在此蹉跎多日。其间惊险不断，十九日夜，“雷鸣电耀，洪雨大风，舻缆悉断，舶即流出……舳头神殿盖辑之板，为大风吹落，不见所在，人人战怕，不能自抑”。直到六月六日，他们才在文登赤山靠岸，住进法华寺。
　　然而，即使有千难万险，身边经常有人死去，那些日本僧人依然出没于风波浪里，无怨无悔，就为了从大唐取得真经。