就在巡抚邵锡奏报的第二年八月，发生了德王军校围攻济南府并击毁府门　的　事件。嘉靖皇帝“诏逮问长史杨谷、杨孟法，戍仪卫副薛宁及军校陶荣。谕王守侯度，毋徇群小滋多事”，此事才得以了结。到了嘉靖十八年（1539），皇帝下诏把三湖之地赐给了朱祐榕，让他“自征其课”。然而就在这一年，朱祐榕病逝。
　　
　　朱祐榕的接班人是其庶二子朱厚燉。嘉靖二年（1523），封朱厚燉为东平王，嘉靖中又改封为世子。谁知到了十三年，朱厚燉突然去世。于是，只能顺序继承，以朱厚燉的庶二子朱载墱作为接班人。嘉靖二十年（1541），朱载墱袭封德王，追封朱厚燉为德怀王。万历二年（1574），朱载墱去世，谥号德恭王。五年（1577），德恭王朱载墱的嫡长子朱翊錧袭封，至万历十六年（1588）死去，谥号定。
　　
　　万历十九年（1591），德定王朱翊錧的嫡长子朱常袭封德王，是为德端王。与他的祖辈一样，朱常也十分信奉鬼神之说。在明代诗人王象春《中元》一诗中，记述了万历间德王在中元节这一天举办盂兰大会的情景。德王亲临主持大会，招来僧人在吹奏声中诵经，举行饿鬼施食的仪式，放焰口。最后在濯缨湖中燃放河灯，超度孤魂。崇祯五年（1632），朱常去世，谥号端。
　　
　　早在万历四十三年（1615），德端王朱常就已经册封他的庶长子朱由为世子，谁知朱由未及袭封就死去了。朱常只得改封已经成为郡王的庶二子朱由枢为世子。朱由枢袭封德王的具体时间则不得而知。明崇祯十二年（1639）正月，清兵入关，攻陷济南府，宫城被烧毁，德王朱由枢被执，后被多尔衮掠去关外，于崇祯十五年（1642）正月病死于关外。
　　
　　德王朱由枢被掠走后，明朝廷于崇祯十三年（1640）六月重建德藩，册封纪城温裕王朱常澍的儿子朱由栎为德王。崇祯十七年（1644）六月，清军再次攻占济南，最后一代德王朱由栎降清。隆武二年（1646）五月，朱由栎被杀，德王世系就此告终。清兵占领济南后，德王宫城残存的建筑再次被毁，显赫一时的王宫旧院从此改换了门庭。