在厦门大学，伍献文跟随美国生物学家莱特教授学习动物分类学，掌握了动物分类学的一些基本方法，并协助指导学生进行动物学实验。伍献文在厦门大学工作和生活了6年，接受了动物学研究的基础训练，为其以后的科学研究打下了坚实的基础。
　　
　　伍献文出自秉志门下，他没有料到会和恩师秉志在厦门大学重聚。
　　
　　1925年9月，秉志应私立厦门大学校长林文庆的邀请，任厦门大学动物系教授，并担任系主任。秉志的到来，提升了厦门大学动物系的学术地位。而林文庆校长对秉志大力支持，主张扩建动物系博物院。1925年12月5日第130期《厦大周刊》载：“本校动物系博物院，筹备已久，内容颇有可观。现自秉农山（秉志）博士兼充该院主任后，林校长益加注意，拟于明年春大肆扩充，预算经费约需一万五千元左右云。”
　　
　　秉志对校长林文庆的治校方法非常赞赏，认为林文庆爱人下士，有古代君子之风，令人惺惺相惜，与之成为莫逆之交。秉志在鼓浪屿附近海中发现一海星新种，为了纪念林文庆，秉志将这种海星定名为“林文庆海星”。
　　
　　秉志推荐伍献文在动物系注册学习，成为一名工读生，一边让伍献文给自己当助教，一边让伍献文进一步精进自己的学业。在秉志的指导下，伍献文在组织学和胚胎学方面打下了坚实的基础，并获得厦门大学理学学士学位。
　　
　　伍献文曾自言：“一直追随先生左右，深得教诲，凡四十年。”1929年，伍献文在美国的一本杂志上发表了一篇论文，阐述了在海豚肺内发现的寄生圆虫新种。伍献文将之定名为秉氏圆虫，“以示感谢前本校动物系主任秉农山教育之厚意”。
　　
　　1927年9月，秉志应国立第四中山大学校长张乃燕的邀请，回到南京，担任生物系主任。一年后，伍献文辞去厦门大学教职，来到国立中央大学执教，教动物分类学以及水生动物采集。在这短短的一年里，伍献文发现唐世凤是一位品学兼优的可造之材，了解了他曲折的求学经历之后，对他格外关爱。
　　
　　伍献文只比唐世凤大3岁，两人年龄相仿，家境相似，意气相投。虽然唐世凤对伍献文执弟子礼，但两人建立了牢固的亦师亦友的情谊。在此后的人生道路上，伍献文指导唐世凤从事海洋调查、海洋生物采集等专业。唐世凤从而进入浩瀚广博的海洋学研究领域。更重要的是，伍献文曾多次提携唐世凤。可以这样说，如果唐世凤是千里马，伍献文就是赏识他的伯乐。