这台缆控水下机器人出色的性能和骄人的科考成绩，不仅仅是日本的科技骄傲，也是国际海洋界的希望所在。然而，正在它大显身手的时候，一个不幸的消息传来了：2003年5月29日，“海沟号”正在日本南部太平洋海域进行地震科目的研究。收到天气预报：台风“灿虹”将至，为了确保仪器和人员的安全，“海沟”号母船决定收回返航。
　　
　　不料，就在下达回收信号的时候，科学家们吃惊地发现：“海沟号”与母船相连的控制铨链断开了，5.6吨重的大家伙不见了！有那么几秒钟时间，“海沟号”向母船发出了求助信号，似乎在说：“我在这里，快救救我……”然而，没有等到科学家锁定它的准确位置，信号很快就消失了。

　　“海沟、海沟，你在哪里，呜呜……”一些为之付出心血的操作人员，甚为心痛，情不自禁地流下了眼泪。
　　
　　事件发生后，日本海洋科学界和日本政府为之震惊，他们决定先采取密而不宣的方式进行搜索与救援，希望“海沟号”能够自动浮出水面，或者向母船发出联络讯号。然而，一个月过去了，奇迹没有发生，“海沟号”无声无息地消失在茫茫大海深处。
　　
　　6月30日，日本海洋科技中心的发言人不得不沉痛地宣布：“‘海沟’号丢失了！我们不知道它是怎么从母船上挣脱了，这样的事从来没有发生过。如果真的找不回这艘无人潜艇的话，那么对人类的深海探索将造成沉重的打击。”
　　
　　对于“海沟号”神秘失踪，日本方面有诸多的猜测：其中之一是说当时有神秘大型水下物体在活动，可能是垂涎“海沟号”技术的某方将其盗走了。不过，这种猜测显然荒唐，因为象“海沟号”这样的深海探测潜艇，是世界海洋科学共有的科考平台，任何人拿走后也没法公开使用。最有可能的是工作人员操作失误，抑或是某种零部件突然失效。
　　
　　无独有偶。2009年5月31日，由美国伍兹霍尔海洋研究所研发，专门用于深海探索的水下机器人潜艇“海神”号，也在马里亚纳海沟成功下潜，抵达了最深处“挑战者深渊”11000米左右，并着手展开对这条最深海沟的研究。“海神”号可以切换至“自泳式自动工作”模式。顾名思义，就是无需远程控制，完全自动执行预定任务，包括绘制海底地图等。在完成既定任务后，它会自动返回水面，再度变形为遥控探测工具，甚至包括增加一个机器手臂，帮助使用工具和收集样本。